De doelstellingen van het Marokko Fonds sluiten aan bij de Millenniumdoelen. In dit wereldwijde plan van actie worden acht doelstellingen onderscheiden, namelijk extreme armoede en honger uitbannen; basisonderwijs verschaffen aan alle kinderen; gelijkheid tussen mannen en vrouwen bewerkstelligen; kindersterfte terugdringen; gezondheid van moeders verbeteren; bestrijden van HIV/AIDS, malaria en andere ziekten; een duurzaam milieu waarborgen; komen tot een mondiaal partnerschap op het gebied van ontwikkeling. Op basis hiervan heeft het Marokko Fonds de volgende themagebieden geformuleerd: